Fue sustituido por el resto de la temporada por Abel Resino, que retornaba al club donde consiguió su legendario récord de partidos imbatidos, dejando el banquillo del CD Castellón. Es el club indirectamente afiliado a AFA y el tercero del interior que más veces participó en «Copa Libertadores» con un total de 4 participaciones. Tras un comienzo irregular, el Atlético inició una racha de 9 partidos sin perder en la Liga y se puso tercero al finalizar el año 2008. Sin embargo, el Atlético empezó en enero de la peor manera con 2 empates y 3 derrotas y Javier Aguirre fue destituido el 3 de febrero tras caer derrotado 2-1 contra el Real Valladolid en el Calderón.